Theo SCFC, giai đoạn 2 của Dự án Vệ sinh môi trường TP Hồ Chí Minh thực hiện dự kiến từ năm 2015 – 2019, sẽ nối tiếp giai đoạn 1 nhằm hoàn tất việc thu gom và xử lý nước thải cho lưu vực kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè và lưu vực quận 2. Tổng nguồn vốn dự kiến đầu tư khoảng 470 triệu USD, trong đó vốn vay WB khoảng 450 triệu USD và 20 triệu USD vốn đối ứng.
Dự án sẽ tiến hành xây dựng tuyến cống bao đường kính 3,2m, dài 8 km từ giếng Bờ Đông (của giai đoạn 1) để chuyển nước thải từ kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè và thu gom nước thải từ quận 2 về Nhà máy Xử lý nước thải tại phường Thạnh Mỹ Lợi, quận 2. Đồng thời, xây dựng Nhà máy Xử lý nước thải công suất 480.000m3/ngày/đêm (trên cơ sở ước tính đến nhu cầu năm 2020), bao gồm hệ thống xử lý bùn và mùi.
