Không quá khó để có thể liệt kê những đề xuất có tính chất rào cản, hoặc can thiệp sâu hoạt động của doanh nghiệp tại Dự thảo này. Đơn cử, Khoản 11, Điều 36, Dự thảo quy định, đối với những sàn giao dịch thương mại điện tử bán lẻ có tích hợp chức năng đặt hàng và thanh toán trực tuyến, ngoài các nghĩa vụ trên, thương nhân, tổ chức cung cấp dịch vụ sàn giao dịch thương mại điện tử có trách nhiệm: Cung cấp cho cơ quan quản lý nhà nước công cụ tra cứu các thông tin liên quan tới người bán để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm và giải quyết khiếu nại, tố cáo; Liên đới trách nhiệm về hàng hóa, dịch vụ bán trên sàn giao dịch thương mại điện tử nếu không thực hiện các nghĩa vụ…
Có thể thấy, ở góc độ của cơ quan quản lý nhà nước việc yêu cầu cung cấp công cụ này là để phục vụ các biện pháp quản lý trong quá trình thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của mình. Tuy nhiên, điều này gây ra mối lo ngại lớn từ phía các doanh nghiệp vì quy định này mâu thuẫn với quy định về bảo vệ thông tin cá nhân được cụ thể hóa theo các luật chuyên ngành. Chẳng hạn, Khoản 3, Điều 38, Bộ Luật Dân Sự 2015 quy định: “Thư tín, điện thoại, điện tín, cơ sở dữ liệu điện tử và các hình thức trao đổi thông tin riêng tư khác của cá nhân được bảo đảm an toàn và bí mật. Việc bóc mở, kiểm soát, thu giữ thư tín, điện thoại, điện tín, cơ sở dữ liệu điện tử và các hình thức trao đổi thông tin riêng tư khác của người khác chỉ được thực hiện trong trường hợp luật quy định”. Như vậy, việc tiếp cận “cơ sở dữ liệu điện tử” của cá nhân chỉ được thực hiện trong trường hợp có văn bản quy phạm pháp luật ở cấp độ “Luật” quy định cho phép tiếp cận chứ không như Dự thảo đề xuất.
Ngoài những quy định có tính chất can thiệp sâu vào hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, Dự thảo nhận được nhiều phản hồi của cộng đồng doanh nghiệp bởi không ít đề xuất có xu hướng tăng rào cản tiếp cận thị trường của nhà đầu tư nước ngoài trong lĩnh vực thương mại điện tử. Đơn cử, Khoản 5, Điều 67, Dự thảo quy định: Cơ quan cấp giấy phép kinh doanh có trách nhiệm lấy ý kiến của Bộ Công thương trước khi cấp, điều chỉnh, thay đổi đăng ký tại các giấy tờ có liên quan. Quy định này chưa hợp lý. Bởi, khi làm thủ tục đầu tư, doanh nghiệp đã phải xin ý kiến chấp thuận từ Bộ Kế hoạch và Đầu Tư (có tham vấn ý kiến Bộ Công thương) nên việc tiếp tục phải xin ý kiến Bộ Công thương khi doanh nghiệp thực hiện các thủ tục điều chỉnh, thay đổi đăng ký tại các giấy tờ có liên quan sẽ làm tăng thủ tục hành chính.
Hoặc, Khoản 2 (c), Điều 67, Dự thảo còn giới hạn việc tiếp cận thị trường ở quy định chỉ có “các nhà đầu tư nước ngoài thuộc danh sách các công ty công nghệ uy tín toàn cầu trong lĩnh vực thương mại điện tử do Bộ Công thương công bố định kỳ” mới được phép tiếp cận thị trường thương mại điện tử tại Việt Nam. Việc giới hạn ở “Công ty công nghệ uy tín toàn cầu” là tiêu chí mang tính chủ quan, với các tiêu chí không rõ ràng và mang tính phân biệt đối xử, khiến cho nhiều nhà đầu tư có uy tín ở cấp độ khu vực hoặc trong các lĩnh vực không phải là lĩnh vực công nghệ bị hạn chế tiếp cận thị trường Việt Nam.
