Chương trình này đã mang lại nhiều kết quả, góp phần vào sự phát triển kinh tế xã hội trên địa bàn nông thôn miền núi, rút ngắn khoảng cách giàu nghèo giữa miền núi và miền xuôi, giữa thành thị và nông thôn. Bên cạnh đó, giai đoạn 2012 - 2014, các tỉnh vùng trung du và miền núi phía Bắc cũng triển khai được gần 900 nhiệm vụ khoa học và công nghệ. Số lượng các kết quả nghiên cứu, tiến bộ kỹ thuật được áp dụng và nhân rộng tăng lên rõ rệt, trung bình từ 50 - 70% tổng số kết quả nghiên cứu ứng dụng. Tuy nhiên vẫn có nhiều khó khăn, bất hợp lý do việc phân bổ kinh phí sự nghiệp khoa học còn dàn trải, chưa có nhiều nhiệm vụ khoa học mang tính liên tỉnh, liên vùng; việc thu hút nguồn lực từ xã hội cho hoạt động nghiên cứu khoa học chưa được đẩy mạnh; chưa có nhiều sản phẩm công nghệ thế mạnh mang tính chế biến sâu…
Theo lãnh đạo Bộ Khoa học và Công nghệ, mặc dù đã có nhiều nỗ lực chuyển giao các kết quả nghiên cứu nhưng hoạt động khoa học và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế xã hội vùng miền núi phía Bắc còn nhiều khó khăn. Để góp phần khai thác tiềm năng, thế mạnh vùng, rất cần có định hướng và giải pháp cụ thể trong việc phát huy tiềm lực khoa học và công nghệ của từng địa phương và của cả vùng.
