Hoạt động kiểm toán dự kiến diễn ra toàn diện, với 32 tỉnh, thành phố và một số bộ, ngành, cơ quan trung ương như Bộ Y tế, Bộ Tài chính, Bộ Công an, Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội, Ngân hàng Nhà nước, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam… Nội dung trọng tâm là vấn đề sử dụng nguồn lực, gồm chính sách, khoản chi của các bộ, ngành, địa phương cho các lực lượng tuyến đầu chống dịch; chính sách với bệnh nhân được điều trị, cách ly; chính sách hỗ trợ người lao động; chính sách an sinh xã hội; chính sách hỗ trợ sản xuất và lưu thông hàng hóa.
Theo số liệu của Ủy ban Tài chính - Ngân sách, tổng nguồn lực bằng tiền huy động cho công tác phòng, chống dịch, mua vaccine, thuốc điều trị, nghiên cứu sản xuất vaccine trong nước và các chính sách hỗ trợ người lao động, người sử dụng lao động khoảng 150.000 tỷ đồng tính đến 15.10.2021. Nguồn kinh phí này chưa bao gồm nguồn vận động viện trợ, tài trợ vacicne, máy móc, trang thiết bị chống dịch, xuất cấp gạo dự trữ quốc gia. Trong đó, tổng nguồn lực chi cho phòng, chống dịch, nguồn lực từ Trung ương khoảng 51.660 tỷ đồng, nguồn lực địa phương khoảng 75.850 tỷ đồng, chi từ Quỹ Bảo hiểm xã hội, Quỹ Bảo hiểm thất nghiệp khoảng 16.600 tỷ đồng. Chính nguồn lực này đã giúp Việt Nam đạt được những kết quả quan trọng trong kiểm soát dịch bệnh, tạo cơ sở để thực hiện các giải pháp phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội.
Quá trình sử dụng các nguồn lực cho phòng chống dịch, yêu cầu về tính hiệu quả, kịp thời là ưu tiên hàng đầu, song cũng không xem nhẹ việc quản lý sử dụng hợp lý, đúng quy định. Vì vậy, Quốc hội và người dân mong muốn Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán việc huy động, quản lý, sử dụng các nguồn lực phục vụ công tác phòng, chống dịch để đưa ra cái nhìn trung thực, khách quan, minh bạch đối với các nguồn lực này tại các cơ quan đơn vị cả Trung ương và địa phương.
Trên thực tế, đã có những sai phạm xảy ra trong quá trình thực thi, cũng như có những trường hợp sử dụng không hợp lý, lãng phí nguồn lực. Các vụ việc sai phạm trong đấu thầu mua sắm trang thiết bị, vật tư liên quan đến xét nghiệm tại Hà Nội, Hải Dương, Nghệ An, Bình Dương và nhiều nơi khác đã được cơ quan điều tra phát hiện và đã, đang tiến hành xử lý. Những sai phạm, hành vi tiêu cực này gây bức xúc trong xã hội, thiệt hại tài sản của Nhà nước, của nhân dân và tác động tiêu cực nhiều mặt đến đời sống kinh tế - xã hội.
Kiểm tra, giám sát, thanh tra, kiểm toán là nhiệm vụ cần thiết để thực hiện nghiêm quy định của pháp luật, nâng cao và phát huy hiệu quả chống dịch dựa trên việc sử dụng hợp lý các nguồn lực, nhất là nguồn tài chính công. Tuy nhiên, điều được chờ đợi ở cuộc kiểm toán này không chỉ là phát hiện các vi phạm, hành vi lợi dụng tính khẩn cấp trong phòng chống dịch để trục lợi làm thất thoát, lãng phí ngân sách và các nguồn lực khác. Quan trọng hơn, kết quả kiểm toán, thanh tra phải nhận diện và đề xuất chính sách để khắc phục những bất cập và khoảng trống chính sách, pháp luật trong tổ chức thực hiện các giải pháp, trong quản trị xã hội và quản lý nhà nước liên quan đến phòng, chống dịch bệnh.
