Mặc dù vậy, do các đảng chính trị chưa hình thành ở Mỹ, nên vị Chủ tịch Hạ viện Mỹ đầu tiên vẫn chưa có tính đảng phái. Nhiệm vụ của ông này như đã được giải thích bởi chính Hạ viện ngày 7.4.1789, là làm chủ tọa các phiên họp, duy trì nghi thức và trật tự, thông báo kết quả số phiếu đã biểu quyết trước (có những nghị sĩ đã bỏ phiếu trước vì không có mặt vào hôm biểu quyết); số phiếu biểu quyết của những người có mặt; chỉ định các ủy ban với số lượng không vượt quá 3 thành viên mỗi ủy ban; biểu quyết trong trường hợp hai bên bằng phiếu nhau. Đến Khóa II, đã bắt đầu xuất hiện sự phân chia đảng phái rõ rệt, và người kế nhiệm chức Chủ tịch Hạ viện bộc lộ xu hướng nghiêng về ủng hộ chương trình lập pháp của Tổng thống George Washington. Năm 1796, Chủ tịch Hạ viện chủ trương theo chế độ liên bang đã hai lần bỏ phiếu để tạo ra tình trạng hòa phiếu làm thất bại các kiến nghị theo tinh thần của Jefferson nhằm phản đối Hiệp ước Jay ký với Anh.
Các chi nhánh của các đảng mặc dù còn yếu và phân tán hơn bây giờ cũng trở thành cơ sở để chọn Chủ tịch Hạ viện. Năm 1799, những người chủ trương theo chế độ liên bang đã thắng phe Jefferson trong cuộc bầu cử Chủ tịch Hạ viện với số phiếu 44 - 38. Đến nhiệm kỳ tiếp theo, những người theo phái Jefferson đã lật ngược thế cờ, nắm quyền kiểm soát và bầu người của mình làm Chủ tịch Hạ viện. Nhưng thực sự suốt những năm đầu, đặc biệt thời kỳ Jefferson làm Tổng thống, phía hành pháp chứ không phải Chủ tịch Hạ viện mới là lãnh đạo thực sự về chính trị và lập pháp ở Hạ viện thông qua những cuộc họp kín, nhất là các Bộ trưởng Bộ Tài chính thời đó. Một nhà nghiên cứu viết, thay vì là một diễn đàn nơi mọi thành viên đều ngang nhau và không ai chịu sự lãnh đạo của ai, các nguyên tắc quan trọng của chính quyền đều được đưa ra tranh luận và tham gia tranh luận thoải mái, thì trên thực tế. Quốc hội kiểu như vậy đã trở thành cơ quan phê chuẩn thuần túy; công việc lập pháp thực sự được quyết định tại các phiên họp kín của đảng đa số”.